การค้าขายในอดีตที่อาศัยเส้นทางน้ำ ซึ่งเป็นเส้นทางคมนาคมที่สะดวกที่สุด ทั้งทางราชการและราษฏรอาศัยแม่น้ำลำคลองเป็นทางสัญจร มีการขุดลอกคลองให้ลึกหรือขุดคลองเพิ่มเติม หรือเชื่อมโยงแม่น้ำกับแม่น้ำ หรือแม่น้ำกับทะเล เพื่อความสะดวกในการใช้เรือพายหรือเรือแจวชนิดต่างๆ และบางทีก็ใช้เรือใบ การค้าขายของไทยสมัยก่อนนั้นเน้นทางน้ำเป็นหลัก เพราะการคมนาคมทางน้ำเป็นการคมนาคมหลักของคนไทย ซึ่งอาจจะเห็นได้จากการมีตลาดน้ำต่างๆในสมัยรัตนโกสินทร์ซึ่งเป็นการเปิดโอกาสให้คนในชุมชนได้ดำเนินกิจกรรมการแลกเปลี่ยน ซื้อขายสินค้าและบริการตามความถนัดของแต่ละครอบครัว เป็นแหล่งรายได้ที่สุจริตของแต่ละครอบครัว เกิดการหมุนเวียนเศรษฐกิจภายในชุมชนรวมถึงจากภายนอกเข้าสู่ชุมชนด้วย และยังก่อให้เกิดความสัมพันธ์อันดีในระดับชุมชน รวมถึงการช่วยธำรงรักษาวัฒนธรรมประเพณีในชุมชน

การขนส่งทางน้ำนับว่าเป็นการขนส่งที่มีต้นทุนต่ำที่สุด โดยสามารถขนส่งในปริมาณที่มากในคราวเดียวกัน ดังนั้นการขนส่งสินค้าระหว่างประเทศของไทยจึงเป็นการขนส่งทางน้ำหรือทางทะเลเป็นหลัก สำหรับภาพรวมของธุรกิจขนส่งทางน้ำคาดว่า จะเติบโตตามกิจกรรมทางเศรษฐกิจ โดยมีปัจจัยหนุนได้แก่ การฟื้นตัวของการส่งออก การปรับตัวขึ้นของดัชนีค่าระวางเรือ และการขยายตัวของการค้าชายแดนจากการก้าวเข้าสู่ประชาคมเศรษฐกิจอาเซียนที่ช่วยสนับสนุนกิจกรรมการขนส่งทางน้ำระหว่างประเทศ ในขณะที่การขนส่งทางน้ำภายในประเทศทั้งการขนส่งทางลำน้ำ และทางชายฝั่งเป็นทางเลือกหนึ่งที่น่าจับตามองสำหรับผู้ประกอบการ เนื่องเป็นวิธีการที่สามารถประหยัดต้นทุนในการขนส่งสินค้า ซึ่งจะเป็นการลดต้นทุนรวม อันจะเป็นการสร้างศักยภาพในการแข่งขันได้

ปัจจุบันนี้ประเทศไทยยังมีประเด็นท้าทายหลายประการในการที่จะเพิ่มศักยภาพในการแข่งขัน เนื่องจากการขนส่งทางน้ำในปัจจุบันเผชิญกับปัญหาในหลายด้าน ทั้งความกว้างของร่องน้ำและแม่น้ำตื้นเขินทำให้ไม่สามารถขนส่งสินค้าทางน้ำได้ ขณะที่โครงสร้างพื้นฐานยังไม่เอื้ออำนวยเพียงพอ อาทิ ท่าเรือมีความแออัด และไม่มีถนนเชื่อมต่อกับท่าเรือโดยตรง เป็นต้น และนอกจากนี้ยังมีปัญหาในด้านของกฎหมายที่มีความล้าสมัย โดยมีประเด็นสำคัญ อาทิ การออกใบอนุญาตเดินเรือ และการต่อทะเบียนเรือ โดยปัจจุบันเมื่อจดทะเบียนเรือแล้วต้องขออนุญาตเดินเรืออีกครั้ง ซึ่งเป็นขั้นตอนที่ซ้ำซ้อน ซึ่งจะเป็นสิ่งที่จะต้องเร่งปรับปรุงและพัฒนาจากทั้งฝั่งภาครัฐและเอกชน